20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织，其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中；另一方面，已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为：对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力，变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏，盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然，他俩的战斗场面也属前所未闻。同时，二人的对立观点贯穿前半段，因此前半段贴近于连续剧。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织，其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中；另一方面，已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为：对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力，变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏，盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然，他俩的战斗场面也属前所未闻。同时，二人的对立观点贯穿前半段，因此前半段贴近于连续剧。

20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。

超人佳亞從「根源破壞招致物體」手上拯救了地球之後，高山我夢（超人佳亞）重回到城南大學的校園，過著平靜的每一日。他現在擁有的變身器Esplander也已經失去了超人的光茫。 　　一方面地球又開始受某些東西的侵略了……。我夢再次被特種迎戰保衛隊XIG召集。終於，根源破壞海神Gakuzomu、根源破壞飛行魚Rozan出現了。究竟失去了超人的光茫的高山我夢和藤宮博也能否取回超人的光茫？而地球的命運又會如何？

小学生新星勉非常爱看《盖亚奥特曼》，他是奥特战士的忠实粉丝。一天晚上他在观看《盖亚奥特曼》的录像时被卷入奇怪空间，他在那里看见了一个红色光球，以及一名站在火海中的女孩。没想到第二天在学校，这个女孩竟然真的出现了，女孩的名字叫七濑理沙。 放学后，勉在自家的仓库中居然看到了在奇怪空间里看到的红色光球。红球自称可以帮人实现任何愿望。勉在理沙的鼓动下，向球许愿希望可以见到电视中的角色高山我梦。没想到红球真的召唤出了我梦，同时还召唤出了怪兽撒旦比佐。我梦看到怪兽撒旦比佐后，变身成盖亚奥特曼后，将其击败。 第二天，勉在朋友面前炫耀此事，没想到被高年级学生给浩夺走了。浩经常欺负勉，他和勉不一样，他很喜欢怪兽。所以得到红色光球的浩，是希望能够召唤自己喜欢的怪兽。红色光球遵循浩的愿望，召唤出了怪兽。可怕的怪兽让盖亚陷入危机，最后关头迪迦和戴拿也出现了。

泽塔奥特曼是赛罗奥特曼的徒弟，拥有着和赛罗一样的热心肠，是一位非常积极向上的奥特英雄。而且，泽塔非常崇拜他的师父赛罗。赛罗虽然嘴上不承认这个徒弟，但其实心里还是很看好泽塔的。 这次和泽塔奥特曼有关的人类，是一位名叫夏川遥辉的热血青年。遥辉是怪兽应对机甲部队“军械库”的一名队员。 在很久很久以前，由于某种原因，宇宙中出现了一种叫恶魔碎片的东西，它可以让怪兽失去理智。一个神秘的家伙正借助这些恶魔碎片危害四方，并将其魔爪伸向了光之国。 赛罗和他的徒弟泽塔为了守卫家园，主动出击迎战敌人。一场激战过后，泽塔被迫与赛罗分开，独自一人追逐逃跑的怪兽。 泽塔抵达地球的时候，遇到了正在战斗的遥辉。两人的相遇，拉开了故事的序幕。

地球上住着很多偷偷隐居的外星人，只有少数人才知道这个真相，一般的民众并不知道有外星人的存在。 主人公 “工藤优幸”就职于一个名叫 “伊吉斯”的民间警备组织，该组织主要是解决外星人引起的纠纷。优幸为了和平，每天都在努力地工作。 在优幸的身上隐藏着一个连他自己都不知道的秘密，泰迦奥特曼的光之粒子寄宿在了他的身上，当泰迦奥特曼在优幸体内苏醒的那一刻起，新的故事开始了。

很久以前，魔王兽在地球上出现，做尽一切的破坏。以奥特曼及迪迦的奥特英雄们将魔王兽封印，令地球恢复了和平。 　　时光流逝——。 　　为了从魔王兽的复活中保护地球，从银河的远方来到地球的光之战士，欧布奥特曼。在地球上自称红凯，作为流浪青年无定向及持续地漂泊旅行。 　　红凯为了打倒复活的魔王兽，将昔日奥特英雄们封印魔王兽并留下来的力量以“欧布圆环 Orb Ring”卡片化，以此来获得“奥特融合卡 Ultra Fusion Card”。 　　“奥特融合卡”寄宿着历代奥特英雄的力量。红凯把两张“奥特融合卡”经由“欧布圆环”双重读取，Ultraman Orb Fusion Up(融合升越)！在与魔王兽的战斗中胜利及获得新卡片，欧布奥特曼将会得到新力量！